Enterre juntos os resíduos que temem a água e observe a queda de energia.
Você recebe uma cadeia de resíduos, alguns hidrofóbicos (H) e outros não. Dobre-o na grade para que os resíduos hidrofóbicos se agrupem em um núcleo enterrado - cada par H-H não adjacente que acaba se tocando diminui a energia da estrutura. Alcance a energia mais baixa para resolvê-lo.
Protein Fold é um quebra-cabeça bioquímico construído sobre como as proteínas se dobram em torno de um núcleo hidrofóbico, o princípio que dá forma às proteínas.
Dobrar uma cadeia de resíduos hidrofóbicos e polares para que os hidrofóbicos se enterrem num núcleo, pontuando cada contato H-H não adjacente, é o modelo de rede HP do enovelamento de proteínas.
Pontuar diretamente os contatos enterrados é a simplificação original.
É uma simplificação drástica que preserva a física essencial. O efeito hidrofóbico — grupos apolares se agregando porque isso maximiza a entropia da água ao redor — é a força dominante que leva uma proteína à sua forma, então um modelo com quase nada além disso ainda produz dobras reconhecivelmente semelhantes às de proteínas.
Protein Fold é um quebra-cabeça bioquímico construído em torno de modelos de dobramento de proteínas com núcleo hidrofóbico. É um jogo de navegador original e gratuito feito internamente para PlayPendium.