Dobre uma cadeia de resíduos através de uma grade para que as unidades hidrofóbicas se amontoem em um núcleo enterrado – e reduza a energia ao seu mínimo comprovado.
Uma proteína é modelada como uma cadeia de resíduos hidrofóbicos (H) e polares (P) em uma rede 2D. Vizinhos hidrofóbicos que ficam adjacentes sem estarem ligados diminuem a energia. Seu objetivo é dobrar a cadeia para que os resíduos de H formem um núcleo compacto e você atinja a energia ideal.
Helixfold é construído sobre o modelo clássico de rede hidrofóbica-polar de enovelamento de proteínas, transformando a busca por uma dobra em um quebra-cabeça.
Uma cadeia de resíduos hidrofóbicos e polares numa rede, em que contatos H-H não ligados diminuem a energia, é o modelo HP do enovelamento de proteínas.
Pontuar a energia diretamente, e não a semelhança com uma forma conhecida, é a abordagem original.
A energia é o objetivo certo porque é o que a natureza minimiza. O efeito hidrofóbico empurra os resíduos apolares para dentro, e um modelo que contém pouco mais do que isso ainda reproduz o núcleo compacto que as proteínas reais têm — e é por isso que o modelo HP sobrevive como ferramenta de ensino e de pesquisa.
Helixfold é construído sobre o clássico modelo de rede hidrofóbica-polar de enovelamento de proteínas, transformando a busca por uma conformação de energia mínima em um quebra-cabeça tátil. É um jogo de navegador original e gratuito com três comprimentos de cadeia e modos diários e de prática.